医師のiDeCo+小規模企業共済で年165万円控除【2026・脳外科医MBA】

原則、給与所得のみの勤務医は対象外です。ただしMS法人を設立して役員になっている場合や、副業を個人事業主として開業届を出している場合は加入可能になります。年収1,500万円超でMS法人化を検討中の医師は、節税効果として大きな判断材料になります。

勤務医はiDeCoから、開業医・MS法人役員は両方同時スタートが基本です。資金繰りに余裕がない場合は、流動性のある小規模企業共済（貸付可）を先に始めると安心。

年1回まで変更可能。最低5,000円から1,000円単位で調整できます。研修医時代は5,000円、専門医取得後に23,000円に増やすなど、収入に応じて柔軟に。

一時金受取なら退職所得控除、年金受取なら公的年金等控除が使えます。退職金とiDeCoを同時受取すると控除枠がぶつかる場合があるが、5年ルール（受取時期をずらす）で回避可能。出口戦略は60歳が近づいた時点で税理士・FPに相談を。

私自身はNISA優先派です。理由は流動性（NISAはいつでも引き出せる）・非課税枠1,800万円の大きさ・iDeCo出口の複雑さ。ただし所得税率33%以上の高所得医師はNISA満額＋iDeCo＋小規模企業共済が王道です。

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iDeCoの節税メリットは医師なら誰でも聞いたことがあるはずです。でも「年12万円ぐらい節税できる」で止まっていませんか？実は開業医なら年165.6万円の所得控除、所得税率33%なら年55万円超の節税が可能な「最強コンボ」が存在します。

それが iDeCo × 小規模企業共済 の併用です。本記事では脳神経外科医MBAの視点で、勤務医・開業医・公務員医師ごとの節税上限と、両制度を組み合わせる際の具体的な手順・注意点を整理します。

なぜ「iDeCo単体」では医師の節税は不十分なのか

iDeCoの掛金は全額が所得控除になります。これ自体は強力ですが、勤務医の上限は月23,000円・年27.6万円。所得税率33%（年収1,500万円超）の医師でも、節税効果は年約11.9万円にとどまります。

30年積み上げても累計360万円。医師としての生涯所得を考えれば、これだけで満足するのはもったいない水準です。

そこで効いてくるのが「もう一つの節税制度を併用する」という発想。特に開業医・フリーランス医師・MS法人を持つ勤務医にとって、小規模企業共済との併用は控除枠を一気に倍以上に引き上げる手段になります。

小規模企業共済は、個人事業主や法人役員のための「自分で積み立てる退職金制度」。掛金は月最大7万円・年84万円、これも全額が所得控除の対象です。

iDeCo（開業医・自営業の上限：月6.8万円・年81.6万円）と組み合わせると：

所得税率33% + 住民税10% = 実効税率43%で計算すると、年間節税額は約71万円。30年続ければ累計2,100万円超のインパクトです。

しかも両制度とも「将来の自分への積立」なので、節税しながら老後資金が形成されていくという二重のメリットがあります。

職種ごとに使える制度と節税額が大きく変わります。自分のポジションを以下の表で確認してください。

職種	iDeCo上限	小規模企業共済	年間控除合計	年間節税額（実効税率43%）
開業医（自営業）	月6.8万円	月7万円	165.6万円	約71万円
フリーランス医師	月6.8万円	月7万円	165.6万円	約71万円
MS法人役員(勤務医)	月2.3万円	月7万円	111.6万円	約48万円
勤務医(企業年金なし)	月2.3万円	—	27.6万円	約11.9万円
公務員医師	月1.2万円	—	14.4万円	約6.2万円